こんにちは、
Webpshere PortalでのIBM Technoteで似たような現象が報告されています。
iNotes doesn't load using IE9, IE10 or IE11 within an iFrame, including the iNotes portlet
http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21610395
IE10でこのiframeでの問題を解決するためには以下のタグを埋め込むことで問題解決を提示しています。(IE11も同様であると思います)
<META http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EmulateIE9" />
こちらの記事では「現在iNotes portletがiFrameを使わないようにするプランはありません。」とかいていますが、「将来的にHTML5を使ったiNotesバージョンにリデザインしている」ともありますので、この点、今後Domino側でも改良をする予定があるかもしれませんので、IBMに問い合わせてみるのがいいと思います。