どうもありがとうございます。
状況が変わり、返答文書を解除する必要は無くなったのですが、参考になりました。
あらゆるものがアイテムとして扱われているNotesの設計からするとそんな感じなのかなと、何となく想像はしていました。
ただ、FormとかSaveOptionsなどの文書属性が単なるフィールド扱いで特にプロパティやメソッドが用意されていないのに対して、返答文書についてはMakeResponsesやらParentDocumentUNIDやらが用意されているところを見ると、$REFを直接操作するのは何らかの問題があってもおかしくはないですね。