Dominoのコンソール画面が表示されているということはアプリケーションとして起動していると思われますが、
サービスとして起動するに運用を変えてはいかがでしょうか。
そうすることで×ボタンを押すというアクションがなくなり誤操作をなくせるかと思います。
サービス起動に変えることでDomino Administratorからのコンソール操作になる、又はおよよ様がおっしゃられてるように8.5以降にバージョンアップしてサービス起動且つDomino Consoleからの操作のいずれかがよろしいかと思います。